RNA folding results on 26Apr20-05-56-12 for 111.15.79.106
Structure 1
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -170.50
M. Zuker, Rensselaer Polytechnic Institute
Initial ΔG = -170.50
10 20
.-AU A- -| CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A^ UG GA C
40 30
50 60
.-GAG ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
\ --- CAUC AU
80 70
90 100 110 120 130
.-AAA A - C C UG - .-AG A- .-GA UG C C
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA CA UGGAU UU AUG UGUC C
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU GU ACCUG AA UAU GCAG C
\ --- G U U U GU U \ -- AG \ -- GU A G
410 400 390 180 150 140
160
CAA U AC
UGG UC U
ACC AG G
G-- C AA
170
190 200 210 220 230 240 250
AAGC - GA ---- GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
UC CCA AU GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
AG GGU UG UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
AGU- U AG GUGG GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
380 370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
420 430 440 450 460 470 480 490
AUG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GGU
GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG G
G-- G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUA
560 550 540 530 520 510 500
Structure 2
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -170.50
10 20
.-AU A- - CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A UG GA C
40 30
50 60
.-GAG ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
\ --- CAUC AU
80 70
90 100 110 120 130
AAA A - C C UG - .-AG A- .-GA UG C C
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA CA UGGAU UU AUG UGUC C
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU GU ACCUG AA UAU GCAG C
GUA G U U U GU U \ -- AG \ -- GU A G
560 550 540 180 150 140
160
CAA U AC
UGG UC U
ACC AG G
G-- C AA
170
190 200 210 220 230 240 250
.-AAGC - GA ---- GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
UC CCA AU GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
AG GGU UG UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
\ ---- U AG GUGG GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
380 370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
390 400 410 420 430 440 450 460
UG| G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
AG^ G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
530 520 510 500 490 480 470
Structure 3
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -169.70
10 20
.-AU - .-CGCAG UCCUA GU
GGA GGAGC UCAGA GC \
CCU UCUUG AGUCU CG C
\ -- G \ ----- CCCC- AG
40
50 60
G------ ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
CAACAAA CAUC AU
90 80 70
100 110 120 130
.-CCC UG - .-AGCAA .-A A UG C C
U CCGUC CCA UGG UG UU AUG UGUC C
A GGUAG GGU ACC AC AA UAU GCAG C
\ --- GU U \ ----- \ - - GU A G
380 150 140
160 170
AUGG - AA C
UUCA CUG GAC C
AAGU GAC CUG A
CUCG A -- G
190 180
200 210 220 230 240 250
GAAU GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
GG-- GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
390 400 410 420 430 440 450 460 470
UGAUG| G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
G----^ G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
560 550 540 530 520 510 500 490 480
Structure 4
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -168.50
10 20
.-AU A- - CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A UG GA C
40 30
50 60
.-GAG ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
\ --- CAUC AU
80 70
90 100 110 120 130
AAA A - C C UG - .-AG A- .-GA UG C C
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA CA UGGAU UU AUG UGUC C
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU GU ACCUG AA UAU GCAG C
GUA G U U U GU U \ -- AG \ -- GU A G
560 550 540 180 150 140
160
CAA U AC
UGG UC U
ACC AG G
G-- C AA
170
190 200 210 220 230 240
.-AAGC - GA ---- GA CCCG - .-GGUGAUG UGA - U
UC CCA AU GCCA GGCUGCUC GUC CCA AUGG GG AUGGGCC \
AG GGU UG UGGU CUGACGAG UAG GGU UACC CC UACUUGG C
\ ---- U AG GUGG GG ---- U \ ------- CG- G C
380 370 360 350 260 250
270
A- UG A
--GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
\ GG UU U
290 280
300 310
CC- - - .-AC| GA
CCA GGA GCC CU \
GGU CCU CGG GA A
AGU A C \ --^ AG
340
320
A C A
AGC UC A
UCG AG A
- A U
330
390 400 410 420 430 440 450 460
UG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
AG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
530 520 510 500 490 480 470
Structure 5
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -168.30
10 20
.-AU A- - CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A UG GA C
40 30
50 60
.-GAG ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
\ --- CAUC AU
80 70
90 100 110 120 130 140 150
AAACAA - C C UG - A- .-AAUGGAUGAUUUGAU -| .-C .-GAUAU A
CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA GC GCUGUC CC GGAC UGAAC A
GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU UG UGGUAG GG CCUG ACUUG U
------ U U U GU U AG \ --------------- U^ \ - \ ----- G
560 550 540 380 160
AA
CUG G
GAC A
CC
170
180 190 200 210 220 230 240 250
AGAUGAAGCUCCCAGAAU GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
UGG--------------- GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
390 400 410 420 430 440 450 460
G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
AU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
530 520 510 500 490 480 470
Structure 6
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -167.80
10 20
.-AU A- - CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A UG GA C
40 30
50 60
.-GAG ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
\ --- CAUC AU
80 70
90 100 110 120
AAA A - C C UG - .-AG UGG
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA CAA A
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU GUU U
GUA G U U U GU U \ -- UAG
560 550 540
130 140 150
AU -| .-C .-GAUAU A
GCUGUC CC GGAC UGAAC A
UGGUAG GG CCUG ACUUG U
AG U^ \ - \ ----- G
530 160
AA
CUG G
GAC A
CC
170
180 190 200 210 220 230 240 250
.-AGAUGAA UC AGAAU GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
GC CC GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
UG GG UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
\ ------- GU ----- GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
380 390 400 410 420 430 440 450
GAUGGUG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
AU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
------- G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
520 510 500 490 480 470 460
Structure 7
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -166.70
10 20 30 40 50 60
.-AUGGAGGA .-AGUCAG| .-AG UC CC .-AG ACA- GA
GCCGC AUCCU CG GAGC CCUCUG UCAGGAA UUUUCA C
UGGUG UAGGA GC CUCG GGAGAC AGUCCUU AAAGGU C
\ -------- \ ------^ \ -- CC UC \ -- CAUC AU
210 200 80 70
90 100 110
AAACAA .-UCC C CGU
CGUUCUG CC UUGC C
GUAAGAC GG AACG C
C----- \ --- U AAC
120
130
.-A A UG C C
UG UU AUG UGUC C
AC AA UAU GCAG C
\ - - GU A G
150 140
160 170
AUGG- - AA C
UUCA CUG GAC C
AAGU GAC CUG A
CCUCG A -- G
190 180
220
GUC GGU
CCA G
GGU A
GU- AGU
230
240 250 260 270
GG U --- - .-CCCAU A- UG A
GCC CCG GUUCAU GCCG GCAGG AC UUAC C
UGG GGC CGAGUA UGGU CGUCC UG GAUG A
G- U UGA G \ ----- GG UU U
370 360 350 290 280
300 310
CC- - - .-AC GA
CCA GGAG CC CU \
GGU CCUC GG GA A
AGU A C \ -- AG
340
320
A C A
AGC UC A
UCG AG A
- A U
330
380 390 400 410 420 430 440 450 460 470
GAUGGUG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GGU
AU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG G
G------ G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUA
560 550 540 530 520 510 500 490 480
Structure 8
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -166.70
10 20 30 40 50 60
.-AUGGAGGA -| G GAU UAG GU A- .-CCCUCUGAG ACA- GA
GCCG CA UCA CC C CG GCC UCAGGAA UUUUCA C
UGGU GU GGU GG G GU UGG AGUCCUU AAAGGU C
\ -------- A^ - AGU UA- UG AG \ --------- CAUC AU
440 430 420 80 70
90 100 110 120 130
AAA A - C C UG - .-AG A- .-GA UG C C
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA CA UGGAU UU AUG UGUC C
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU GU ACCUG AA UAU GCAG C
UA- G U U U GU U \ -- AG \ -- GU A G
410 400 390 180 150 140
160
CAA U AC
UGG UC U
ACC AG G
G-- C AA
170
190 200 210 220 230 240 250
AAGC - GA ---- GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
UC CCA AU GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
AG GGU UG UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
AGU- U AG GUGG GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
380 370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
450 460 470 480 490 500
GAUG G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
G--- G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
560 550 540 530 520 510
Structure 9
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -166.60
10 20 30 40 50 60
.-A AG-| CA- AG .-AG UC CC .-AG ACA- GA
UGG GAGCCG GUC AUCCU CG GAGC CCUCUG UCAGGAA UUUUCA C
GCC CUUGGC CGG UAGGA GC CUCG GGAGAC AGUCCUU AAAGGU C
\ - GUA^ CUC G- \ -- CC UC \ -- CAUC AU
250 240 210 200 80 70
90 100 110
AAACAA .-UCC C CGU
CGUUCUG CC UUGC C
GUAAGAC GG AACG C
C----- \ --- U AAC
120
130
.-A A UG C C
UG UU AUG UGUC C
AC AA UAU GCAG C
\ - - GU A G
150 140
160 170
AUGG- - AA C
UUCA CUG GAC C
AAGU GAC CUG A
CCUCG A -- G
190 180
220
GUC GGU
CCA G
GGU A
GU- AGU
230
260 270
.-CCCAU A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
\ ----- GG UU U
290 280
300 310 320
.-CC GGA .-UGAAGAAGA C A
CCA GCCACC AGC UC A
GGU UGGUGG UCG AG A
\ -- AG- \ --------- A U
380 330
340 350
GGCCU GG G GA
CCAU UGAU GU \
GGUG GCUG CG U
U---- -- A AG
370 360
390 400 410 420 430 440 450 460 470
UG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GGU
AU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG G
G- G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUA
560 550 540 530 520 510 500 490 480
Structure 10
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -166.40
10 20 30 40 50 60
AUGGAGGA - G GAU UAG|GU A- .-CCCUCUGAG ACA- GA
GCCG CA UCA CC C CG GCC UCAGGAA UUUUCA C
UGGU GU GGU GG G GU UGG AGUCCUU AAAGGU C
GUAG---- A - AGU UA-^UG AG \ --------- CAUC AU
560 550 540 80 70
90 100 110 120 130
AAA A - C C UG - A- .-AA .-GA UG C C
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA GC UGGAU UU AUG UGUC C
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU UG ACCUG AA UAU GCAG C
UA- G U U U GU U AG \ -- \ -- GU A G
530 520 510 180 150 140
160
CAA U AC
UGG UC U
ACC AG G
G-- C AA
170
190 200 210 220 230 240 250
.-GAUGAA UC AGAAU GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
GC CC GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
UG GG UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
\ ------ GU ----- GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
380 390 400 410 420 430 440
GAUGGUG G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
AU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
G------ G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
500 490 480 470 460 450
Structure 11
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -166.20
10 20
.-AU A- - CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A UG GA C
40 30
50 60
.-GAG ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
\ --- CAUC AU
80 70
90 100 110 120 130
AAA A - C C UG - .-AG A- .-GA UG C C
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA CA UGGAU UU AUG UGUC C
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU GU ACCUG AA UAU GCAG C
GUA G U U U GU U \ -- AG \ -- GU A G
560 550 540 180 150 140
160
CAA U AC
UGG UC U
ACC AG G
G-- C AA
170
190 200 210 220
.-AAGC - GA ---- GA .-C| .-GG - GGU
UC CCA AU GCCA GGCUGCUC CC UC CCA G
AG GGU UG UGGU CUGACGAG GG AG GGU A
\ ---- U AG GUGG GG \ -^ \ -- U AGU
380 370 360 230
240 250
GG- CUCC U
AUGGGC GGU C
UACCCG CCG A
ACG ---- U
260
270 280 290 300
A-- A UAGUUGU .-UGCCCC AG
ACUGUUAC CAUG GGCC CAGG \
UGGUAGUG GUAC CCGG GUCC C
UAG - CU----- \ ------ AC
350 340 310
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
390 400 410 420 430 440 450 460
UG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
AG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
530 520 510 500 490 480 470
Structure 12
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -165.70
10 20 30 40 50 60
.-AU A A .-U| A .-AG UC CC .-AG ACA- GA
GG GG GCCGCAG CAG UCCU CG GAGC CCUCUG UCAGGAA UUUUCA C
CC UC CGGUGUU GUC AGGA GC CUCG GGAGAC AGUCCUU AAAGGU C
\ -- G - \ -^ A \ -- CC UC \ -- CAUC AU
290 270 210 200 80 70
90 100 110
AAACAA .-UCC C CGU
CGUUCUG CC UUGC C
GUAAGAC GG AACG C
C----- \ --- U AAC
120
130
.-A A UG C C
UG UU AUG UGUC C
AC AA UAU GCAG C
\ - - GU A G
150 140
160 170
AUGG- - AA C
UUCA CUG GAC C
AAGU GAC CUG A
CCUCG A -- G
190 180
220
.-G - GGU
UC CCA G
AG GGU A
\ - U AGU
230
240 250
GG CUCC U
AUGGGC GGU C
UACCCG CCG A
CG ---- U
260
U A
UAC C
AUG A
G U
280
300 310 320
.-C GGA .-UGAAGAAGA C A
CCA GCCACC AGC UC A
GGU UGGUGG UCG AG A
\ - AG- \ --------- A U
380 330
340 350
GGCCU GG G GA
CCAU UGAU GU \
GGUG GCUG CG U
U---- -- A AG
370 360
390 400 410 420 430 440 450 460 470
UG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GGU
AU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG G
G- G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUA
560 550 540 530 520 510 500 490 480
Structure 13
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -165.60
10 20
.-AU A- - CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A UG GA C
40 30
50 60
.-GAG ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
\ --- CAUC AU
80 70
90 100 110 120 130
AAA A - - .-CC UG - A- A G .-GA UG C C
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA GC AU GAU UU AUG UGUC C
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU UG UG CUG AA UAU GCAG C
GUA G U U \ -- GU U GG G G \ -- GU A G
560 380 370 150 140
160 170
.-CAAUGG - AA C
UUCA CUG GAC C
AAGU GAC CUG A
\ ------ A -- G
180
190 200 210 220 230 240 250
- ----| GAAU -- .-GCUCCCCGGUCC AUGA- .-UGAGG CUCC U
GCUC CCA GCCA GAGGCU CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
CGAG GGU UGGU CUCCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
A UAGU^ AG-- AC \ ------------ CGAGG \ ----- ---- U
360 350 340 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
390 400 410 420 430 440 450 460
UG- G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
UAG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
550 540 530 520 510 500 490 480 470
Structure 14
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -165.00
10 20
.-AU A- - CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A UG GA C
40 30
50 60
.-GAG ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
\ --- CAUC AU
80 70
90 100 110 120 130
AAACAA - C C UG - A- .-AAUGGA A UG C C
CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA GC UG UU AUG UGUC C
GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU UG AC AA UAU GCAG C
------ U U U GU U AG \ ------ - GU A G
560 550 540 150 140
160 170 180 190 200 210
.-AUGGU .-GAA C-| GAUGAAG - GA - AGA CU
UCACU GACC AGGUCCA CUC CCA AU GCC GGCUG \
AGUGG UUGG UCCGGGU GAG GGU UA UGG CUGGC C
\ ----- \ --- CC^ AG----- U AG G ACC CC
250 240 230 220
260 270 280 290 300
CAU CA- AGGA- A UAGUUGU .-UGCCCC AG
GCCGCC UGC ACUGUUAC CAUG GGCC CAGG \
UGGUGG ACG UGGUAGUG GUAC CCGG GUCC C
UGG CUG AGUAG - CU----- \ ------ AC
370 360 350 340 310
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
380 390 400 410 420 430 440 450 460
UGGUG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
AU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
G---- G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
530 520 510 500 490 480 470
Structure 15
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -164.80
10 20
.-AU A- - CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A UG GA C
40 30
50 60 70
GA .-GGAAA U G-| .-UAU AC
GUCA CAUU UCA ACC GGAA \
UAGU GUAG GGU UGG CCUU U
G- \ ----- U AG^ \ --- CA
430 420 80
90 100 110 120 130
UGAAAA A - C C UG - .-AG A- .-GA UG C C
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA CA UGGAU UU AUG UGUC C
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU GU ACCUG AA UAU GCAG C
UA---- G U U U GU U \ -- AG \ -- GU A G
410 400 390 180 150 140
160
CAA U AC
UGG UC U
ACC AG G
G-- C AA
170
190 200 210 220 230 240 250
AAGC - GA ---- GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
UC CCA AU GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
AG GGU UG UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
AGU- U AG GUGG GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
380 370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
440 450 460 470 480 490
-- G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
GG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
560 550 540 530 520 510 500
Structure 16
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -164.60
10 20 30 40 50 60
.-AU AG- CA- AG .-AG UC CC .-AG ACA- GA
GG GAGCCG GUC AUCCU CG GAGC CCUCUG UCAGGAA UUUUCA C
CC CUUGGC CGG UAGGA GC CUCG GGAGAC AGUCCUU AAAGGU C
\ -- GUA CUC G- \ -- CC UC \ -- CAUC AU
250 240 210 200 80 70
90 100 110
AAACAA .-UCC C CGU
CGUUCUG CC UUGC C
GUAAGAC GG AACG C
C----- \ --- U AAC
120
130
.-A A UG C C
UG UU AUG UGUC C
AC AA UAU GCAG C
\ - - GU A G
150 140
160 170
AUGG- - AA C
UUCA CUG GAC C
AAGU GAC CUG A
CCUCG A -- G
190 180
220
GUC GGU
CCA G
GGU A
GU- AGU
230
260 270 280 290 300 310 320 330
.-GC -| AGGA A GUA- UG G U-- C AGGA U AGAAGAA-- - A- A CU
CCAU GC ACUGUUAC CAU GU U GCC GCC CC GCCACC GA GCC UCA AUG AG \
GGUA UG UGGUAGUG GUA UA A UGG UGG GG UGGUGG CU UGG AGU UAC UC G
\ -- G^ GUAG - GUGG GU G UAG U ---- - GACGAGUAG U GG C CG
410 400 390 380 370 360 350 340
420 430 440 450 460 470 480 490
UG-- G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
GUAG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
560 550 540 530 520 510 500
Structure 17
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -164.50
10 20 30 40 50 60
AUGGAGGA - G GAU .-UAG A- C U .-G ACA- GA
GCCG CA UCA CC CGUCG GCC CC CUGA UCAGGAA UUUUCA C
UGGU GU GGU GG GUAGU UGG GG GGCU AGUCCUU AAAGGU C
GUAG---- A - AGU \ --- GG U U \ - CAUC AU
560 380 370 80 70
90 100 110 120 130
AAACAAC U - | UG .-CCAAGCAAUGGA A UG C C
GUUC GUC CC--CCU CCGUC UG UU AUG UGUC C
CGAG UAG GG GGA GGUAG AC AA UAU GCAG C
GA----- - U \ ^ GU \ ------------ - GU A G
360 230 150 140
160 170 180 190
AUGGU GAA CA UC AUGAA- UCCC
UCACU GACC GG CAG GC \
AGUGG CUGG CC GUC CG A
U---- ACC CC UC GGAGAC UAAG
220 210 200
240 250
.-A CUCC U
UGGGC GGU C
ACCCG CCG A
\ - ---- U
260
270
.-U A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
\ - GG UU U
290 280
300 310
CC-- - - .-AC GA
CCA GGAG CC CU \
GGU CCUC GG GA A
UAGU A C \ -- AG
350 340
320
A C A
AGC UC A
UCG AG A
- A U
330
390 400 410 420 430 440 450 460
GUG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GAU
AU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
--- G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUG
550 540 530 520 510 500 490 480 470
Structure 18
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -163.70
10 20
.-AU A- - CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A UG GA C
40 30
50 60
.-GAG ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
\ --- CAUC AU
80 70
90 100 110 120 130
.-AAA A - C C UG| - .-AG A- .-GA UG C C
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA CA UGGAU UU AUG UGUC C
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU GU ACCUG AA UAU GCAG C
\ --- G U U U GU^ U \ -- AG \ -- GU A G
490 480 470 180 150 140
160
CAA U AC
UGG UC U
ACC AG G
G-- C AA
170
190 200 210 220 230 240 250
.-AAGC - GA ---- GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
UC CCA AU GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
AG GGU UG UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
\ ---- U AG GUGG GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
380 370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
390 400 410 420
UG G G G G G G G G G G G GAU
AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
AG G G G G G G G G G G G GUG
460 450 440 430
500 510 520 530
AUG G G G G G G G G G G GAU
GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
G-- G G G G G G G G G G GUG
560 550 540
Structure 19
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -163.70
10 20
.-AU A- - CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A UG GA C
40 30
50 60
.-GAG ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
\ --- CAUC AU
80 70
90 100 110 120 130
.-AAA| A - C C UG - .-AG A- .-GA UG C C
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA CA UGGAU UU AUG UGUC C
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU GU ACCUG AA UAU GCAG C
\ ---^ G U U U GU U \ -- AG \ -- GU A G
470 460 450 180 150 140
160
CAA U AC
UGG UC U
ACC AG G
G-- C AA
170
190 200 210 220 230 240 250
.-AAGC - GA ---- GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
UC CCA AU GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
AG GGU UG UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
\ ---- U AG GUGG GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
380 370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
390 400 410
UG G G G G G G G GAU
AU GU AU GU AU GU AU GU \
UG UA UG UA UG UA UG UA G
AG G G G G G G G GUG
440 430 420
480 490 500 510 520
AUG G G G G G G G G G G G G G G GAU
GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
G-- G G G G G G G G G G G G G G GUG
560 550 540 530
Structure 20
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -163.70
10 20
.-AU A- - CA UC A
GGAGG GC CG G AG \
UCUCC CG GC C UC U
\ -- CC A UG GA C
40 30
50 60
.-GAG ACA- GA
UCAGGAA UUUUCA C
AGUCCUU AAAGGU C
\ --- CAUC AU
80 70
90 100 110 120 130
.-AAA A - C C UG - .-AG A- .-GA UG C C
CA CGUU CUGUC CC U CCGUC CCA CA UGGAU UU AUG UGUC C
GU GUAG GGUAG GG A GGUAG GGU GU ACCUG AA UAU GCAG C
\ --- G U U U GU U \ -- AG \ -- GU A G
510 500 490 180 150 140
160
CAA U AC
UGG UC U
ACC AG G
G-- C AA
170
190 200 210 220 230 240 250
.-AAGC - GA ---- GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
UC CCA AU GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
AG GGU UG UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
\ ---- U AG GUGG GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
380 370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
390 400 410 420 430
UG G G G G G G G G G G G G G G G GAU
AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU \
UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA G
AG G G G G G G G G G G G G G G G GUG
480 470 460 450 440
520 530 540
AUG| G G G G G G GAU
GU AU GU AU GU AU GU \
UA UG UA UG UA UG UA G
G--^ G G G G G G GUG
560 550
Structure 21
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -163.70
10 20 30 40 50 60
.-AUGGA CGCA .-AGAUCC| .-CCCCCUC AG- ACA- GA
GGAGC GUC UAGCGUCGAG UG UCAGGAA UUUUCA C
CCUCG UAG GUCGUAGUUU AC AGUCCUU AAAGGU C
\ ----- AAG- \ ------^ \ ------- AAA CAUC AU
190 130 80 70
90 100 110
ACGUUCU CCC CGU
GUCC UUGC C
UAGG AACG C
AG----- U-- AAC
120
140 150
UCCCC .-GAUAU A
GGAC UGAAC A
CCUG ACUUG U
A---- \ ----- G
180 160
AA
CUG G
GAC A
CC
170
200 210 220 230 240 250
.-CAGAAU GA .-CCC .-C AUGA- .-UGAGG CUCC U
GCCA GGCUGCUC GGUC CAGGUG UGG AUGGGC GGU C
UGGU CUGACGAG CCGG GUCCAC ACC UACCCG CCG A
\ ------ GG \ --- \ - CGAGG \ ----- ---- U
370 360 310 300 260
270
-- A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
CC GG UU U
290 280
320
AAGAAGA C A
AGC UC A
UCG AG A
------- A U
330
340
U--- G
CCAU G
GGUA U
UAGU G
350
380 390 400 410 420 430 440 450 460 470
GGUGGUGAUGGUG G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GGU
AU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU GU AU \
UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG UA UG G
G------------ G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G G GUA
560 550 540 530 520 510 500 490 480
Structure 22
Folding bases 1 to 569 of 26Apr20-05-56-12
Initial ΔG = -162.70
10 20 30 40 50 60
GA| - .-A GAU AG--- UC CC .-AG ACA- GA
--AUGGAG GCC GC GUCA CCU CG GAGC CCUCUG UCAGGAA UUUUCA C
UACCUC CGG CG UAGU GGA GC CUCG GGAGAC AGUCCUU AAAGGU C
\ --^ U \ - AGU CCCUG CC UC \ -- CAUC AU
340 230 220 210 200 80 70
90 100 110
AAACAA .-UCC C CGU
CGUUCUG CC UUGC C
GUAAGAC GG AACG C
C----- \ --- U AAC
120
130
.-A A UG C C
UG UU AUG UGUC C
AC AA UAU GCAG C
\ - - GU A G
150 140
160 170
AUGG- - AA C
UUCA CUG GAC C
AAGU GAC CUG A
CCUCG A -- G
190 180
240 250
GG---- .-A CUCC U
UGAGG UGGGC GGU C
ACUCC ACCCG CCG A
AAGUAA \ - ---- U
330 260
270
.-U A- UG A
GCAGG AC UUAC C
CGUCC UG GAUG A
\ - GG UU U
290 280
300
CCC------ AG
CAGG \
GUCC C
GAAGAAGAA AC
320 310
350 360 370
.-G G G G GA A G GG
GU AU GU AU GC GUCG U U
UA UG UA UA UG UAGU G G
\ - G G G G- G G UG
390 380
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mfold version 3.6M. Zuker, Rensselaer Polytechnic Institute